Hola. Si conectas el sub al ampli con los cables de las cajas (no por RCA) el propio sub hace de filtro enviando a los altavoces solo las frecuencias superiores al corte.
En estereo es mas discutible el uso del sub, pq dependera de los altavoces que tengas y el tamaño de la sala. Yo he probado a poner un sub a una JBL ES90 y he tenido que quitarlo.

saludos