Mi opinion:

1- Los frontales en large, central en small, y los traseros en small. Y configuras el subwoofer para que funcione siempre a partir de la frecuencia de corte aunque esten en large los frontales (en yamaha se llama extra bass la funcion ). El poner los traseros en small depende de tu sala, puedes ponerlos en large si tu sala no te da problemas de cancelacion, rebotes o acoples. Esto si no puedes medirlo como yo, tienes que fiarte de lo que te diga el AVR con la configuracion automatica del AVR, o de tu oido. Por ejemplo, yo tenia el sub atras, al estar opuesto a los frontales y hacia pruebas con sonidos de 20hz, 25hz,30hz,..hasta 80hz (si no tienes un programa para hacerlos en youtube los hay). Me di cuenta que habia varias frecuencias que caia el sonido bastante porque se anulaba la señal del sub con la señal de los frontales, probe a cambiar la fase a 180, mejoró, pero se me cancelaban otras, aunque menos... por eso de poner en small los traseros, aunque ya te digo, que depende de tu sala y de que hagas pruebas.
Ok, de acuerdo... yo pensaba que las cajas había que ponerlas en small, ya ves lo pez que estoy en temas de subwoofers.
Entonces, frontales en large, cental en small y traseros, depende a espera de hacer pruebas.

2- La freq de corte la establece el altavoz que menos baje. Por tu altavoz central que es el que te limita yo pondria la frecuencia de corte en el AVR en 60, no hay que llegar hasta el limite que te dice el fabricante(45hz ¿-3db? ) porque ahí ya es donde empieza a caer el SPL.
Efectivamente, mi central baja hasta 40Hz, así que entonces la frecuencia de corte en el AVR en 60. Perfecto!!

3- La fase del sub es problema del punto 1 que has dicho. Depende de donde lo coloques, normalmente si esta junto a los frontales no tienes que tocar la fase, si esta detras la fase recomiendan a 180, o si esta en un lado pues 90, eso depende de las pruebas que hagas. Yo ahora lo tengo junto a los frontales y lo tengo en 0, no lo he tocado.
Lo pondría como tu, al lado de los frontales, o sea fase en 0. Perfecto!!

4- No se si tu AVR tiene microfono para hacer config automatica, si es así recomiendan poner el potenciometro del sub al 50% y pasar la prueba automatica. Lo normal es que notes bien el sub sin pasar del 50%. Pero eso ya va en el gusto de cada uno. Yo lo tengo a un 40% del potenciometro del sub, y una ganancia 0 en el AVR. Pero noto mucho (para bien) cuando paso la config automatica del AVR, solo le modifica la "distancia" que en realidad es un delay de tiempo, pero funciona muy bien.
No, no puedo calibrar con el AVR, tendrá que ser a oído. De ahí mi pregunta. Probaré diferentes ganancias en el AVR y jugaré con el propio volumen del sub. hasta encontrar la sensación que más me guste.

Muchísimas gracias!!