Según mi criterio:
1.- Primero con YPAO y después afinar algún altavoz manualmente si no ha quedado a tu gusto.
2.- Tanto manual como con YPAO, en principio yo lo pondría como small aunque baja hasta 60Hz. El large suele ser para columnas, pero puedes probar ambas opciones.
3.- En principio nada en especial. El sub va a reproducir las frencuencias por debajo del filtro que marques en el AVR (crossover)