Todo tiene ventajas e inconvenientes. Por ejemplo al conectar por alta no podemos regular el retardo del sub. Si dejamos que el AVR lo calcule sólo se aplicará para el canal LFE. El crossover cuando conectamos por baja también lo podemos ajustar independientemente, tenemos el LPF pra LFE que nos permitirá ajustar hasta que frecuencias queremos que el canal LFE reproduzca por arriba (independiente de los crossovers que tengamos seleccionados para los altavoces). La ganancia también podremos ajustarla, podemos subir o bajar la ganancia en el propio sub y por otro lado el AVR seguro que tendrá un ajuste independiente para el canal LFE que podamos subir o bajar.
No creo que el tono de los altavoces tenga nada que ver, el sub reproducirá la señal que le llegue y su respuesta principalmente vendrá marcada por la interacción con la sala.
Pero todo esto son opiniones personales, no es cuestión de discutir es cuestión de exponer lo que cada uno considera.