En tu situación particular, es decir, el espacio del que dispones, posibilidad de situar cajas... Siempre he sido partidario de cuidar la acústica, actuaciones pasivas, etc, pero siendo prácticos, con esas limitaciones, y como llevas apuntando, que el "direct" no te convence, me iría de cabeza a un 2.1 con AVR que te permita calibrar, de ese modo te evitas varios problemas de golpe; situar como se debe las cajas, tu punto de escucha, ecualizas automáticamente (ojo, el calibrado hace una corrección para suavizar todos los picos y valles, es decir, aplanar la respuesta en su interacción con la sala), compensas fase entre cada altavoz.

Pese a todo lo que he expuesto de teoría, entiendo que hay que ser práctico y cuando no se puede, emplear no lo ideal, sino lo que mejor se adapte a nuestras circunstancias.

O te pasas a cajas activas y filtras la señal por algo tipo los Ultracurve, que viene a ser lo mismo, en estéreo. En cualquier caso no te queda otra que filtro activo para corregir esa interacción con tu sala, que es lo que tienes.

Saludos.