Y estás en lo cierto, pero ojo, no tanto por el puerto trasero, se trata como creo que ya comenté, en el efecto de estacionarias y la sobrepresión que la sala añade a esas frecuencias, dependiendo de dónde sitúes el foco de baja frecuencia (generalmente se entiende el centro y frontal del cono de graves, que es el que emitirá todo el rango donde afectan las estacionarias, de 200 Hz hacia abajo para no complicarlo).

Aunque lo de un metro es demasiado genérico, es decir, cuanto más pegado a las paredes, mayor es la sobrepresión que la sala ejerce en las frecuencias estacionarias (llegando a +12dB, que ya es presión), pero cuánto hay que separarlas, depende de la estancia (proporciones) y cajas (altura del cono de graves, en monitores es más fácil al poder variar esa altura con tan solo situar a distinta altura la caja en sí). Cuánto separar, lo determinará un cálculo y posterior medida.

Pero en tu caso, como comenté más arriba, si vas a calibrar (ecualizar) precisamente para corregir el poco margen de libertad que tienes al situar cajas, por las condiciones de tu sala, no debes preocuparte excesivamente, salvo que incluso con el calibrado estés más distante de ese margen de corrección que tiene el AVR o el sistema de ecualización que emplees.

El caso que puse concreto de sala y cajas, están tan en medio precisamente (medidas aproximadas, pero 2 metros hacia la pared frontal y 1 metro a cada lateral) porque solo hay corrección pasiva. Pero insisto, en tu caso como te he planteado, no te compliques mucho porque el tema de la distancia es prácticamente solo a efectos de interacción con la sala a bajas frecuencias, y si corriges de forma activa de forma eficiente, una cosa compensa a otra y el resultado es una respuesta bastante plana en la zona de bajas frecuencias.

Respecto al sub, si es pasivo (lo supongo por la impedancia, uno activo es tan elevada que al conectar en paralelo la impedancia resultante apenas es significativa la variación) no te recomiendo que conectes en paralelo con tus cajas, mejor buscas uno activo y asunto solucionado; aparte del problema de impedancia, puedes de forma independiente ajustar corte, fase y ganancia, para integrarlo lo mejor posible con la respuesta de tus cajas.

Saludos.