Si no me equivoco, las salidas A y B de los amplis estéreo es para amplificar 1 pareja (salida A) o 2 (salidas A y B) de altavoces.

Es posible que el ampli pierda potencia al activar la salida B ya que, aunque el sub no "consuma" esa amplificación ya que sólo captaría la señal, el ampli sí divide su potencia entre las 2 salidas.

Al menos eso es lo que pienso, no te puedo hablar con certeza porque no he tocado nunca un ampli estéreo. Consulta tu manual para ver si especifica el reparto de potencia.