Quiero decir que tienes que bajar más el volúmen en el sub antes de pasar la calibración. Si da - 12 quiere decir que está fuera de rango, no se está realizando correctamente la calibración, tiene que dar un valor distinto a - 12. De todas formas hay mucha diferencia entre los niveles del sub y las cajas. No sé si tendrás libertad para ubicar el sub, si la tienes, prueba en otras ubicaciones (también puedes probar a separárlo un poco de las paredes)
Subir el corte de los altavoces manualmente después de la calibración puedes hacerlo sin ningún problema. Prueba también cómo suena con/sin el Dynamic eq.