Esa última configuración que has puesto es muy buena, quitando esos 6x9 kicker, yo que tu no pondría nada en la bandeja, montate bien las puertas con esos hertz irás más que sobrados, y currate una buena insonorización de las puertas si puedes para evitar que vibre la chapa y te quite medios-graves. Sobre el subwoofer si no quieres meterte en hacerte tu propia caja está bien, otras opciones en sub:
Comprar JL Audio CP112-W0V2 en Type-Rsound.com
Comprar JL Audio CP112-W1V2 en Type-Rsound.com
Comprar Focal SB30A1 en Type-Rsound.com
estos en cuanto a calidad, si buscas potencia ponte un kicker de los de 300rms y hazte una caja a medida, tal cual te indica en el manual y acabarás rompiendo los cristales de tu coche... je je

Si necesitas cualquier cosa pregunta e intentaré contestar lo antes posible, un saludo!