Sobre el efecto WAF, que no se si habrás notado ya, puedes leer este hilo, y el enlazado a él.

La conexión de un amplificador estéreo y un AVR, se realiza usando las presalidas de los frontales de este, y conectando estos altavoces solo al amplificador.

Y sí, quien amplifica los frontales es el estéreo, pero también puede usarse para oir home cinema, siendo el AVR quien amplifica el resto de altavoces añadidamente. Y si el amplificador estéreo tiene entrada directa a sus etapas de potencia, entonces el control del volumen se puede hacer desde el AVR, tanto para estéreo como para 5.1

Sobre el tema, y lo amplificadores que permiten esto, puedes leer este hilo.