Audyssey calcula distancias (retardos), ganancias (para igualar el SLP de todos los altavoces en el punto de escucha) y aplica unos filtros (ecualización) para "aplanar" la respuesta de los altavoces, con una ligera caída en los agudos.
Que baje las ganancias es normal, ya que depende del tamaño de la sala, de la distancia de los altavoces al punto de escucha, de si están ubicados contra una esquina o pared, de la sensibilidad de éstos, etc. Subes un poco más la rueda del volúmen y listo.
En modo Pure el sub sólo te va a reproducir el canal .1. Para que el sub se active siempre tienes que seleccionar la opción LFE+Main.
Lógicamente debes elegir la configuración que más te guste pero yo recomiendo Audyssey activado, altavoces en pequeño y modo LFE, asegurándote de que cuando realizas la calibración esté todo en silencio, micrófono a la altura de los oídos y que las posiciones del micro al calibrar sean correctas, sobre todo la primera, justo en el centro del punto de escucha principal. En mi opinión el modo Pure sólo se debería usar si tenemos una sala dedicada y suficientemente tratada.