Diferencia entre usar una entrada digital u otra NO tiene que haber.
Diferencias entre los modos, pure audio, etc SI vas a notar, pero por lo general, NO por que la señal pase por DSPs, PCM o el DAC, si no por que la señal, si has usado bien la calibración, te debería gustar más en "modo estéreo", si no, cada modo suena "diferente", mejor o no, depende de tus gustos.