Veamos, mezclas dos cosas que no tienen nada que ver. La etapa y el receptor se conectan por analógico, y no puede ser de otra manera. La etapa amplifica una señal analógica. Si la conexión fuera digital oirías algo parecido a una freidora de patatas, o de buñuelos, según la región donde vivas (o churros).

La HDMI te conecta el reproductor SACD con el Onkyo transportando la señal digital de audio con muestreo a 192KHz en lugar de los 96 KHz de las salidas coaxial/óptica digitales... el Onkyo debe convertirlo en una señal analógica que manda a sus etapas o en este caso a la etapa externa.

Si se gana algo usando la HDMI 1.3 en lugar de usar las salidas analógicas del reproductor de SACD depende de la calidad de este respecto al Onkyo...Como no sea un Marantz 9600 o algo así, supongo que puede ser que sí que ganes algo de calidad, pero si dices el modelo del reproductor a lo mejor alguien lo conoce...

La ventaja que le veo a usar la 1.3 es que dejas libre la entrada directa 7.1 para cualquier otro aparato como un lector de cd, etc y que tienes menos cables sueltos. Parece más cómodo. Y además, al no usar la entrada directa, puedes manipular el corte de los altavoces, y otras configuaraciones que si usas la entrada analógica 7.1 directa, no te permite porque se salta el previo...