Las conexiones son esas. Las fuentes estéreo (mayormente musicales) por RCA al integrado. Las demás al AV por HDMI o como quieras. En mi caso, como el reproductor tiene salidas HDMI y estéreo RCA, pues eso... el HDMI al AV y las RCAs al integrado.
Te aseguro que no tendrás problemas de diferencias de ganancias, pues como te digo, el volumen del integrado solo funciona para las fuentes que conectes en sus entradas de línea. La fuente que conectes a su entrada "etapa directa" no se ve afectada por el volumen del integrado, sino del previo del AV, que previamente habrás ajustado dando más o menos ganancia a los frontales, desactivando tanto volumen, como entradas de línea, como todos los previos del integrado. Eso sí, claro, para cine no podrías obtener beneficio del previo del integrado, pero eso no me importa pues para cine el Yamaha cumple muy bien. Por lo tanto, cuando cambies de entrada "etapa directa" a cualquier entrada de línea, el volumen será el que hayas utilizado la última vez que escuchaste esa fuente estéreo (línea), no habrá cambios de ganancia. Esa es la gran ventaja respecto a utilizar un integrado sin entrada directa a etapa de amplificación.
Saludos