Buenas Elaphe!

Por la salida óptica si se puede sacar sonido multicanal, pero necesitas que esté comprimido (Dolby Digital o DTS), en PCM solo soporta estéreo, y no depende de una tarjeta de sonido mas o menos cara, esta es irrelevante si se usa la óptica. Seguramente era por temas de configuración en los programas que uses para reproducir video.

Y sobre lo de usar YPAO, hazlo sin miedo, no solo no te hará un estravio, sino que ademas siempre lo puedes desactivar. El tema no es que estén equidistantes al punto de escucha sino como se comporta la sala (que es lo que mas peso tiene) conjuntamente con estos. Tu prueba y nos comentas.