Pues al final di con el problema ya por la noche.
Entrando por ip a la configuración del onkyo empecé a revisar todo y volver a tocar y tocar.
Encontré una opción que supongo que habría estado tocando sin saber lo que hace porque me pasaba algo parecido, que no conmutaba bien el audio entre tv y av, se encendía el av cuando no quería, etc. En el apartado hardware,hdmi, hay un tic que pone AUDIO TV OUT. Lo tenía activado y se ve que eso lo que hace es bloquear el sonido a pcm estereo. Lo desactive y al momento se puso todo normal, reconoció todos los altavoces y ya podía seleccionar cualquier modo de audio.

Después de esto vi que al apagar el av conmutaba bien al audio de la tv, pero cuando quería escuchar la tv por el 5.1 no sacaba sonido.
Pues en las opciones de la tv hay que activar el CEC, aunque luego desmarques las otras opciones de debajo para no controlar los dispositivos externos con el mismo mando. Supongo que el cec también activa el arc aunque no lo especifique. Ya podéis estar por separado, pero bueno. @Alfanut, mirate esa opción a ver si es lo que te está fallando a ti