Bueno, misterio resuelto. Era la actualización que suele pedir el AVR nada mas sacar de la caja y conectarlo a la red, y que no se había nada hecho correctamente. Al final lo he actualizado via USB y ha quedado como tenia que quedar. Le he metido unas mediciones y filtros que tenia hechos con el anterior AVR y me ha dejado sin problema. Eso si, me avisa que al ser un AVR distinto puede que el resultado no sea el esperado...
Hoy hare un par de mediciones para quitarme la mosca de que dirac va bien y comprobar si el resultado es el mismo.

Gracias a todos por la ayuda...