Me perdí la parte de tu mensaje donde decías que "cajas" usas

Con los Bose puede que el Yamaha no calcule bien las polaridades. Bueno, está claro que no lo hace: "pasa" de él y conecta todo "bien", pon las distancias a mano, los niveles ídem, y conecta las cajas como comentaba Lucky (¿el sub no tiene entrada de línea o LFE aparte de la de altavoces? De ser así ideal...), con frontales "big" y las demás "small". Si el sub tuviera entrada de línea, entonces marcas "sub ok" y todas "small" y marchando. Puede que suene mejor de lo que esperas

Saludos