En general se recomienda pasar primero el EQ del AVR y luego hacer la eq manual con un ecualizador externo, si se dispone de él. Pero en este caso, ya que el AVR no va a tocar la señal del sub, creo que lo más conveniente sería que pasaras primero el eq del sub, para que YPAO cuando tome las mediciones se encuentre con una señal lo más uniforme posible, y pueda calcular niveles y fases partiendo de una situación mejor.

El corte al máximo y el volumen depende, a la mitad es una recomendación general, empieza por ponerlo ahí y haz una eq con un solo punto (para acabar rápido), luego comprueba el volumen que le puso el AVR al canal del sub, cuanto más cerca de 0 mejor, si está muy en los extremos, +10 o -10, sube o baja respectivamente el canal en el sub y repite la eq. Cuando esté bien, ya puedes pasar la eq multipunto (si lo necesitas).

Si tienes un sonómetro puedes obviar lo anterior y ajustarlo de manera que mida 75dBs en punto de escucha cuando suena el ruido rosa que emite el AVR.

Saludos.