A mi juicio es problema del subwoofer. A mi ya me paso con un subwoofer autoamplificado que de buenas a primeras empezo a hacer ruido a pesar de escucharse perfectamente el sonido. Segun me dijeron, la culpa podria ser en principio por los condensadores de salida de la etapa de amplificacion, q se secan por dentro y meten ese ruido en la señal de salida.

Por otro lado, por lo que describes el mando podria meter ruido en la señal del ampli de alguna forma, con malas soldaduras o cualquier circuito mal impreso o componente en malas condiciones.

Prueba a cambiar el sub, pidele a alguien uno prestado y asi sales de dudas de si es el ampli o el subwoofer.

Saludos