El resetear de fábrica no borra ninguna actualización, la última que tengas instalada es la que va a quedar, pero los fabricantes recomiendan resetear después de una actualización, será para inicializar todos los sistemas o yo que se, pero ya no es el primero que recomienda hacer eso para el correcto funcionamiento del aparato.

La mayoría de aparatos, ps4, avs, etc, tienen la opción de guardar copia de seguridad en usb antes de resetear de fábrica, para luego hacer una recuperación de archivos o configuraciones, yo he descubierto que en el Yamaha te deja hacerlo en la memoria interna del av.

P. D: as probado a desenchufarlo de la corriente?? En el Yamaha lo pone en el manual, después de realizar actualización o cambios en el menú avanzado (selección de ohmios, selector de croma, etc) hay que desconectar el av de la corriente 5 segundos y ya estaría listo para usarse.