Se ha comentado alguna vez que al conectarlo de la segunda forma que expones se gana 3db.

El caso es que cuando vuelvas a calibrar, el sistema te restará ese incremento o en los niveles o al calibrar el subwoofer y tener que quitarle algo de ganancia a su potenciómetro.
Eso puede crear problemas de que el AVR mande una señal muy baja al subwoofer y tengas problemas de autoencendido.