Diferencia hay y distancia relativamente alta (para nuestra percepción) también, ahora, seamos objetivos y veamos qué significa lo que pretendes hacer...
Con la resistividad típica del cobre, los diámetros y las distancias que indicas, la diferencia de resistencia total entre ambas tiradas de cable oscila los 0,12 ohmios. Lógicamente la corriente efectiva que recibe el de menor resistencia es algo mayor, pero tan mínima que, sobre todo en un sistema AV donde entra en juego la calibración, lo compensa el propio AV al nivelar salidas entre canales en punto de escucha.
Lo mismo estamos haciendo por ejemplo, si no situamos perfectamente simétrico el punto de escucha respecto a cada par de altavoces de un mismo canal (frontales, surrounds, altos, etc) y nadie se lo plantea ni se alarma.
Tú mismo, compra otra bobina de 2.5 de sección para igualarlos (que tampoco lo haces, sigue siendo una tirada mayor que otra, salvo que ambas las dejes del tamaño mayor aunque sobre en una de ellas) o no le des más importancia que al calibrar lo compensas y el AV ni se entera en esos márgenes.
Saludos.
EDITO: Rizando el rizo, si aún así te quedas con la incertidumbre y quieres ser lo más preciso posible pero utilizando los medios que tienes, sin sumar gastos. ¿Tienes 20 metros del cable de 2.5 mm? Pues deja esta medida en la mayor tirada, aunque te sobren unos 3 metros que disimules por alguna parte, y tendrás prácticamente la misma resistencia en ambas tiradas aún con distinta sección.