Si te he entendido, quieres conectar por baja señal simultáneamente el AVR (por LFE) e integrado (salidas pre-out estéreo a entradas L/R) al mismo subwoofer.

Pues como dices, en multicanal (empleas tanto el AVR como el integrado haciendo de etapa para los frontales) desconectaría la señal de baja que te viene del integrado, para estéreo siempre que el AVR esté apagado lo dejaría, ya que solo recibe señal del primero en el subwoofer.

Ojo, se supone que si tiene entrada LFE es porque anula los controles de corte y fase del propio sub y ahí conectas tal como dices el AVR, y el integrado a la entrada L/R para ajustar corte y fase en el propio sub. Verifica esto en el manual del sub, pues aunque los que tienen entrada específica como LFE suelen funcionar así, algunos toda señal de entrada pasa por los DSP del propio sub, ahí puedes tener un problema según qué uso le des (multicanal o estéreo) en el corte de frecuencia.

El resto, es decir, fase y ganancia del sub, ajusta para tu estéreo, y posteriormente calibras el AVR (sin tocar ajustes del subwoofer) para que la fase y ganancia (el corte por supuesto) te lo controle el AVR. Al menos así las molestias serán mínimas, lo comentado de desconectar la señal de baja del integrado cuando lo utilices para multicanal solo.

El próximo sub, te haces con uno que admita conexión simultánea por alta y baja (con ganancia independiente incluso) y te ahorras problemas, ya no hay que preocuparse de conectar/desconectar nada, independientemente del uso que le des; por baja conectado al AVR para multicanal, y por alta al integrado para estéreo, y funcionando simultáneamente ambas entradas de señal.

Saludos.