Precisamente eso es lo que dice el manual de instrucciones y desde luego el mando a distancia está preparado para ello: Hay ocho botones, cuatro para cada salida y puedes elegir la fuente que quieras en cada salida.

Teóricamente puedes (lo tengo que comprobar), activar una de las dos salidas ol las dos a la vez y en este caso, elegir independientemente en cada una de ellas la entrada que quieras reproducir.