Tienes problemas con el disco duro ¿? Sino tienes, olvidate del tema.
Si tienes problemas, leete otra vez los post que se han puesto o busca en google "alinear particiones" y tendras miles de entradas para ver como saber si tienes los discos alineados o no.
Yo te recomiendo el programa "Disk Alignment Test". El enlace lo tienes un par de post más arriba.
un saludo.