Para discos internos para un mediacenter son mejor los de 5400 rpm, son menos ruidosos y sobretodo se calientan menos, aunque tratándose del Base 3D es menos importante ya que tiene ventilador y más espacio para refrigerar. Aún así podría ser un problema de calentamiento lo que provoca esos pequeños parones. ¿Has notado si la carcasa está muy caliente? ¿Lo tienes todo el día conectado el Dune o cuando no lo dejas en Standby (con el disco accesible desde red)?
En principio el ext3 es una evolución del ext2 que lo hace más seguro y más rápido, pero cualquiera de los dos te vale. De hecho yo el mio lo tengo formateado en ext2 porque en ext3 tenía problemas al conectarlo como slave a mi PC y me funciona muy bien.
De todas maneras pienso que si puede ser un problema de sobrecalentamiento. Configura el Dune para que se apague en lugar de quedarse en Standby cuando le des al botón y pruébalo así algunos días, a ver si le sigue pasando o no. Lo de formatearlo en ext2 o 3 no creo que ayude mucho si se trata de un tema de calentamiento así que como te puede llevar tiempo formatearlo mejor probar lo otro primero.
Saludos.



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