Claramente parece un problema del system storage, que esté fallando. ¿Tienes algún pendrive que estés utilizando como system storage o lo tienes tal cual sólo con la memoria interna?
Si se trata de la memoria interna es mal asunto porque significaría que puede estar dañada y tarde o temprano te comenzará a fallar. Si tienes algún pendrive o tarjeta SD que estés utilizando como system storage entonces simplemente se trata de cambiarla.
Yo tengo una tarjeta SD que utilizo como system storage pero previamente tenía un pendrive con dos particiones, una para el yaDIS y otra que utilizaba como system storage. Pero empezó a fallar haciendo que tardase mucho en arrancar y perdiese los settings cada vez. Lo cambié por la tarjeta SD que tenía a mano y ya no tuve más problemas.
Si no estás utilizando nada pues prueba a ponerle algún pendrive pequeño y lo colocas como system storage, a ver si así te aguanta la configuración.
Saludos.