Parece que el problema está en el Seagate entonces. Yo haría lo mismo que dices, volcar el contenido en el WD y luego si tienes acceso a él formatearlo con el Dune, ya sea en NTFS o en Ext3. Lo de que no reconozca más de un usb no es el caso, todos reconocen más de usb por la propia especificación del usb. Además hay gente usando hubs de usb con 3 o 4 discos conectados y funcionando bien.
El caso eSATA es diferente ya que de inicio sólo se reconoce uno, para poder conectar más de uno en el puerto se necesita un controlador que tenga un port multiplier. En el caso de los PC's pues si el que tienes no viene de inicio puedes siempre comprar una tarjeta que lo tenga. En el caso de un multimedia pues no.
Bueno entonces parece que al final si es compatible el Sharkoon ¿no? Ya nos irás contando...
Yo si lo necesitas puedo probar el Fantec directamente en el Dune, aunque al tener discos de 6 Teras no sé si los reconocerá.
Saludos.