Aunque esto está bastante parado, dejo por aquí la configuración final por si le sirve a alguien...

Cansado de los problemas con la marca Sharkoon (buena calidad de materiales pero electrónica incompatible) me pillé dos carcasas Fantec DB-ALU3e-6G por sus inmejorables especificaciones y la compatibilidad con Linux. Todos los problemas de congelaciones de imagen han desaparecido y el Dune vuelve a ir como un tiro.

Estas son las mediciones que obtengo con los "Read tests" del propio Smart D1:

eSATA
- Lectura: 95 MB/s
- Escritura: 45 MB/s

USB 3.0
- Lectura: 30 MB/s
- Escritura: 20 MB/s

Si estáis por AVForums echar un vistazo: https://www.avforums.com/threads/dun...#post-23308666

Por cierto, muy recomendable si tenéis algún tipo de problema resetear por completo y borrar el Flash Storage y el System Storage, después de eso el Dune parece otro a la hora de navegar por los menús y abrir archivos.