Bueno, investigando más, creo que el problema no está en los reframes, está en el Códec utilizado. Los archivos que me dan problemas están codificados con el HIGH@L5.1, y como podemos leer aquí:

Video Codec

XVID SD/HD
MPEG 1
MPEG-2 (MP@HL)
MPEG-4.2 (ASP@L5, 720p, 1-point GMC)
WMV9 (MP@HL),
H.264 (BP@L3, MP@HL4.1)
VC-1 (MP@HL, AP@L3)
RealVideo 8/9/10
FLV(H.263)

Nuestro Dvico no soporta este códec. Voy a averiguar ahora cómo pasar de 5.1 a 4.1 y os comento.