El problema que tienes es que ese mkv le falta el flag de esteroscopia. Si al empezar la reproduccion te da la imagen partida y seleccionas manualmente el 3D, entonces es eso.
Para resolverlo, vuelve a mexclar con el mkvmerge todo ese mkv marcando el indicador de esteroscopia (seleccionas la pista de video y vas a la pestaña de opciones especificas de formato).
Asi podrás ver bien los subtitulos.