Vayamos por partes, si has instalado la ultima version de Android 7 hay un apartado en configuración de sistema que tienes que tener desactivado. Sino cualquier cambio que hagas no se guardará una vez apagado el dispositivo.
Cuando cambias el modo de reproducir en la APP de Wrapper como indico en el vídeo, tienes que apagar y volver a encender el aparato para que se aplique el cambio.
Las caratulas las tienes duplicadas, con el AEON MQ7 en la pestaña videos hay una opción que pone "limpiar biblioteca" eso te quita los duplicados que puedas tener.
En el caso de archivos 3D para diferenciarlo de las normales, con AEON MQ7 puedes poner que la caja que aparezca en las películas 3D lleve ese logo.
Si usas un NAS u otro sistema como fuente, no sé como podría ayudartepero usando el AEON MQ7 debería funcionarte lo que te digo.
Saludos!