Aunque en principio no tiene porqué venir a cuento, cuando os leo que tenéis problemas ocasionales leyendo discos duros externos siempre es bueno que:
- Los discos tengan tengan su propia alimentación externa si es posible.
- Desfragmentar/Reparar el disco en un equipo Windows si son particiones NTFS (este punto es más importante de lo que parece).
- Conectarlos al USB 3.0 aunque sean 2.0 (o al revés para descartar eventuales problemas de cables, si el USB 3.0 es el que da problemas). A veces demasiada velocidad (o la escasez) es la que provoca el problema.

Saludos !!!