Gracias newbi07 por el consejo. Acabo de exportarlas a otros formatos y codec. Zidoo lee todas las pelis exportadas que están con codec H.264 aunque sean formatos de Apple como .m4v, y .mov. Pero los que están con los otros codec que ofrece Final Cut Pro, no lee ninguno.
¿y si instalo VLC u otro player en Zidoo? mmm no se que será mejor; el reproductor nativo de Zidoo se ve muy bien.