el formato wmv pocos lo podran reproducir, y suelen ser de version wmv8, que yo sepa ninguno reproduce superior a esa version por temas de licencias.
Con los avi y mkv he probado muchos y ninguno le ha puesto problemas.
Lo de los subtitulos me refiero siempre a los integrados en los mkv´s, la verdad es que tengo que experimentar mas con ellos porque no sé si es problema de no tener bien puesta la codificacion. con los avi con fichero de subtitulos a parte no he tenido problemas, aunque solo he probado 2.
Alimentar 2 discos duros a la vez, la verdad es que dudo que alguno pueda, es mucho consumo y aunque aunque puede que en principio funcionase, creo que estarias forzando el consumo de los usb´s.
Suerte.