Hacer root es hacerte super-usuario, poder obtener permisos de administrador y tener control total sobre el software y hardware del equipo. Lógicamente esto tiene muchas ventajas pero a la vez es peligroso si no sabemos lo que hacemos.
Por ejemplo, si no eres root, en Android 6.0 no puedes dar permisos a las aplicaciones para que escriban en discos duros USB.