En mi caso con un Onkyio no tengo problemas, creo que es una configuración incorrecta de tu amplificador, aún así, tienes que tener en cuenta que las pistas flac y mp3 sólo tienen dos canales y lo único que puedes hacer es virtualizar una salida 5.1, no hay una pista especial para el subwoffer, por lo tanto debes de mirar todas las configuraciones de tu amplificador hasta dar con la deseada. Hace poco estuve con otro Onkyio donde no funcionaba el subwoffer y a base de probar y entrar en la setup de ampli conseguimos dar con ello.