Sí. El AVR lo que hace es ponerle potencia a los altavoces y dirigir el sonido propio de cada altavoz. Pero lo que tiene que identificar el dispositivo de reproducción del contenido, en tu caso, el PC es el formato. Creo que con un ejemplo de TVs lo vas a entender: una TV que no es compatible con Dolby Atmos no pasa el Dolby Atmos de su app interna de Netflix al AVR. También hay TVs con no son compatibles con DTS: entonces si tiene conectado un reproductor Blu-ray con un disco con DTS y lo conecta a la TV, la TV no pasa DTS al AVR.
Por lo demás, si tu PC ya reconoce 5.1 no tienes problemas. Sólo el comprar el AVR y los altavoces.