En el caso del ejemplo que pones, si realmente se trata de BDREMUX, la diferencia no existe. Un Remux es una copia exacta del BD, pero eliminando contenido de bajo interés (pistas de audio extranjeras, extras, etc.). Lo que cambia también es el contenedor, que en lugar de ser un m2ts es un MKV. Por lo demás, la calidad es exacta.

Otra cosa es cuando son BDRIP, que suelen ser MKVs de menos tamaño y diferentes resoluciones (720p, 1080p). En ese caso, supuestamente, cuanto mayor es el tamaño, mayor será la tasa de bits y por lo tanto la calidad. Aunque depende mucho del ripeo y el ripeador, pues yo me he encontrado con casos de MKVs de 4GB con una calidad excelente y otros de 15GB con calidad mejorable. Desde luego, yo pienso que la diferencia de calidad respecto al BD no es espectacular y en muchos casos inapreciable.

Saludos