Ya tengo la respuesta. Parece ser que esos pocos MKV son formato NTSC, por lo que no se reproducen 50Hz, sino a 60Hz. La solución ha sido decirle al BD que el formato del TV es multisistema en lugar de PAL y de esa forma selecciona automáticamente una salida de 60Hz para esos MKVs, y el resto los reproduce automáticamente a 24Hz. De esta forma se acabó el maldito judder y todo se ve suave. Solucionado!

Gracias en cualquier caso.