Los reproductores/grabadores de DVD (no sé de qué marca será el tuyo) suelen ser bastante pijoteros con el tema de los discos duros externos, sobre todo con los autoalimentados (los que no se enchufan a la red eléctrica sino que toman la energía del propio USB). A veces también dan problemas con los pendrives, pero con éstos suelen ser algo más flexibles.

En algunos reproductores de video la conexión USB es de tipo 1, por lo que su velocidad de transferencia es baja, o simplemente están pensados para cargar fotos y audio.

Lo ideal es poder conectar el disco duro o el pendrive directamente al televisor o, si no se puede (por no tener puerto USB o estar este "capado" sólo para actualizaciones de fimrware), adquirir no un disco duro convencional, sino uno multimedia, que ya viene preparado con salidas HDMI, SCART, S-Video y demás opciones de conexión. Pero ya que tienes un par de discos duros, simplemente te recomendaría que adquirieses un dispositivo multimedia SIN disco duro como este:



Cuestan en torno a 75-80 euros y son sencillos de manejar. Sólo hay que conectar el reproductor al televisor, enchufar el disco duro al reproductor y listo. Leen multitud de formatos y hasta pueden conectarse a la red.

Otra opción es ir a una tienda de informática y adquirir una carcasa multimedia por unos 50 euros a la que le puedas conectar el disco (SATA):



En cuanto al formateo, como bien te han dicho, el FAT32 sólo permite cargar y leer ficheros de como máximo 2 GB, para leer tamaños superiores (ficheros MKV y demás) hay que formatear la unidad en NTFS, que actualmente es el estándar. Pero si tu reproductor es algo "viejo", aunque pueda conectarse a discos duros sólo podrá leerlos si están formateados en FAT.

Puede que en el manual de tu DVD haya más información al respecto.

Saludos