Entre el 5S y el 5C hay una diferencia fundamental: El procesador de 64bits del 5S. En un futuro marcará una gran diferencia, pues en cuanto empiecen a salir aplicaciones exclusivas de 64bits, pondrá una hermosa leyenda tal que "para iphone 5S y posteriores", que nos dejará con un careto así

Por supuesto, para que eso ocurra falta mucho tiempo, y el desarrollador se enfrentará al reto de exclusivizarse a una minoría (menos probabilidad de cobro) frente a quienes sacan aplicaciones pensadas para todos los terminales, pero supongo que la aplicación en si será la razón para necesitar una programación de 64bits.

Luego está el material exterior del iphone 5S y el tema del desbloqueo mediante la huella dactilar, que puede suponer una razón para decantarse por un modelo u otro.

Por último tener en cuenta que muy probablemente salga este otoño el iphone 6 (con dos o tres modelos diferentes, y quizás con un cristal anti-roturas), el cual costará un riñón y medio, pero que hará que se disparen las ventas de segunda mano de los modelos anteriores, y eso suele provocar las mejores oportunidades de hacerse con uno viejo. Hasta entonces, cualquier 5 representa un "objeto de deseo" y se paga como tal.