Cuando actualicé mi iphone 3G a 4, obviamente recuperé la copia anterior, y empezó una línea de copias nueva, puesto que tuve que autorizarlo a usar mis compras y demás, por lo que la última copia del 3G se fué quedando atrás, mientras que la del 4 proseguía.
Así que si itunes 11, no es distinto en eso, tu iphone 5 continuará por una línea de copias distinta, aunque se llame igual.

Además, no te preocupes por el nombre, puesto que las copias de itunes de los iphone se basan en unos nombres tipo <a8vbgt43hjnug.kg427gh> y cosas así. El nombre del iphone representa un detalle dentro de la copia, y no el nombre en si de de la copia.