Yo siempre he utilizado cola blanca, y me va muy bien. Seguro que aguanta mejor que la cola que traía de fabrica. Igual si desmontas del todo la caja y limpias el adhesivo viejo, te será mas fácil encajar bien las piezas. La caja tiene ya 3 maderas de refuerzo. Bien encolados igual no necesitas mas.
Una vez encolada a caja, a mi siempre me ha dado muy buen resultado pegar dentro tela asfáltica adhesiva, o pintar por dentro con pintura bituminosa. La caja vibra menos y los graves ganan en calidad.

Lo de hacer unas cajas de cero, si respetas el volumen de la caja, no tiene que haber ningún problema.