tatuat, en el mismo post en el que se publica que el problema se produce con los mkv creados con libmatroska v1.0 o superiores, se da solución y se pone un programa de ejemplo, pero obviamente no todos los que existen. De hecho se titulaba algo así como "Solución MKV's que no van en la GT20".
Vamos que en el mismo post en el que lo has leido tenías la respuesta.
El tema es dejar claro que hay que hacer un "REMUX CON CUALQUIER SOFTWARE QUE UTILICE LIBRERIAS INFERIORES A LIBMATROSKA v1.0.0", es decir, desde libmatroska v0.9 para abajo funcionan todas ok.