Supongo que la radio que vas a poner es 1DIN.

Primero, si no lo has hecho ya, investiga un poco el tema de quitar la radio de serie, porque al hacerlo quizá se pierda alguna función o información en los displays. Normalmente se soluciona comprando una interfaz, que además te deja las conexiones ISO para poner cualquier radio.
Lo de mantener el cargador lo veo complicado por la compatibilidad de conexiones.

En cuanto al modelo de radio, si no vas a instalar amplificadores te vale cualquiera. La potencia que entregan es muy similar (en torno a 20w rms, con suerte) así que sólo varía la funcionalidad o calidad de algunos componentes.
Cuando dices "alimentarlo desde un móvil con Android" te refieres a escuchar música por bluetooth? En ese caso lo tienes fácil porque la radio sólo tiene que soportar el estándar A2DP. Además también podrás usarlo de manos libres.

Por decirte un modelo que cumpla con casi todo lo que dices (lo de tarjetas SD no está muy extendido), un candidato podría ser este:

Pone que tiene un modo especial para Android/iPhone (desconozco su funcionamiento) y además trae micro externo para el manos libres (mucho mejor que integrado)
Pioneer DEH-4800BT