Ese SMSL se va como máximo en PCM a 768 kHz.

Habría que saber que quieres decir con conectar por Internet y marcar la música de Amazon a 48 kHz.

Si estás usando como fuente el PC, el "problema" es que Amazon Music no hace bypass al mixer de Windows, y entonces al SMSL le entra una señal resampleada por Windows, al sample rate que le hayas puesto.

Al final, lo importante es lo que tú notes. Si estás contento con el resultado, no le des muchas más vueltas.