Hola,

En algunas tarjetas entre los controladores viene una opción para configurar las caracteríticas de cada salida (sólo tengo experiencia con ATIs). Una cosa que creo que te funcionaría sin tocar nada es arrancar el PC sólo con la salida S-Video conectada y el proyector en marcha, de este modo digamos que la tarjeta se coge a la única salida que tiene.

De todas formas si tu proyector tiene entrada VGA te recomiendo está ultima ya que te derá mayor calidad que la S-Video.

Saludos