Hay dos formas de conectar los sub, por linea, que tienen normalmente conectores RCA, y por alta, que tienen los mismos terminales que tienen los altavoces. En los terminales para altavoces conectas la salida de altavoces del amplificador en el lado INPUT, y en el lado OUTPUT conectas el sub con los altavoces. Esto es que por el sub pasa toda la potencia del amplificador.

No se si se entiende bien, pero seguro que alguien tiene por ahí un esquema gráfico que lo explique mejor.